| 21. Spieltag | 07.03.2004 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 3:3 |  |
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| 22. Spieltag | 13.03.2004 | SC Paderborn 07 | - | VfR Neumünster | 1:0 | |
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| 23. Spieltag | 20.03.2004 | KFC Uerdingen 05 | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | |
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| 24. Spieltag | 27.03.2004 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 2:1 |  |
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| 20. Spieltag | 30.03.2004 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln II | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 03.04.2004 | SG Wattenscheid 09 | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 12.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 17.04.2004 | Dynamo Dresden | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | |
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| 28. Spieltag | 24.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | Wuppertaler SV | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 01.05.2004 | Hamburger SV II | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | |
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| 30. Spieltag | 08.05.2004 | SC Paderborn 07 | - | Holstein Kiel | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 15.05.2004 | Rot-Weiss Essen | - | SC Paderborn 07 | 3:1 | |
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| 32. Spieltag | 22.05.2004 | SC Paderborn 07 | - | Chemnitzer FC | 4:0 | ||||
| 33. Spieltag | 30.05.2004 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 2:2 | ||||
| 34. Spieltag | 05.06.2004 | FC Schalke 04 II | - | SC Paderborn 07 | 2:4 | |
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Deutschland
