| 15. Spieltag | 15.10.2016 | FV Illertissen | - | VfR Garching | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 12.11.2016 | FC Augsburg II | - | FV Illertissen | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 19.11.2016 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FV Illertissen | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 26.11.2016 | FV Illertissen | - | 1. FC Nürnberg II | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 04.03.2017 | SpVgg Bayern Hof | - | FV Illertissen | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 10.03.2017 | SV Seligenporten | - | FV Illertissen | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 17.03.2017 | TSV Buchbach | - | FV Illertissen | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 24.03.2017 | FV Illertissen | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 01.04.2017 | FV Illertissen | - | SpVgg Unterhaching | 3:3 | ||||
| 28. Spieltag | 13.04.2017 | FV Illertissen | - | SpVgg Bayreuth | 3:0 | ||||
| 29. Spieltag | 18.04.2017 | TSV 1860 München II | - | FV Illertissen | 2:2 | ||||
| 30. Spieltag | 21.04.2017 | FV Illertissen | - | SV Schalding-Heining | 1:3 |  |
|||
| 31. Spieltag | 28.04.2017 | FV Illertissen | - | TSV 1860 Rosenheim | 2:3 | ||||
| 32. Spieltag | 06.05.2017 | VfR Garching | - | FV Illertissen | 2:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2017 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FV Illertissen | 0:1 |
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