| 1. Runde | 07.09.1988 | Bayern München | - | Legia Warszawa | 3:1 | ||||
| 1. Runde | 05.10.1988 | Legia Warszawa | - | Bayern München | 3:7 | ||||
| 2. Runde | 26.10.1988 | Bayern München | - | FC DAC 1904 | 3:1 | ||||
| Achtelfinale | 23.11.1988 | Bayern München | - | Inter | 0:2 | ||||
| Achtelfinale | 07.12.1988 | Inter | - | Bayern München | 1:3 | ||||
| Viertelfinale | 28.02.1989 | Heart of Midlothian | - | Bayern München | 1:0 | ||||
| Viertelfinale | 15.03.1989 | Bayern München | - | Heart of Midlothian | 2:0 | ||||
| Halbfinale | 05.04.1989 | SSC Napoli | - | Bayern München | 2:0 | ||||
| Halbfinale | 19.04.1989 | Bayern München | - | SSC Napoli | 2:2 |
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