| 4. Spieltag | 14.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Babelsberg 03 | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2016 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Lok Leipzig | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | Berliner AK 07 | - | SV Babelsberg 03 | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | SV Babelsberg 03 | - | FC Viktoria 1889 Berlin | 4:1 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | Hertha BSC II | - | SV Babelsberg 03 | 2:2 | ||||
| 14. Spieltag | 19.11.2016 | Energie Cottbus | - | SV Babelsberg 03 | 3:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.12.2016 | SV Babelsberg 03 | - | FSV 63 Luckenwalde | 2:0 |  |
|||
| 25. Spieltag | 17.03.2017 | SV Babelsberg 03 | - | TSG Neustrelitz | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 26.03.2017 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 07.04.2017 | SV Babelsberg 03 | - | Berliner AK 07 | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 19.04.2017 | SV Babelsberg 03 | - | Hertha BSC II | 1:3 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2017 | BFC Dynamo | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2017 | SV Babelsberg 03 | - | Energie Cottbus | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 07.05.2017 | ZFC Meuselwitz | - | SV Babelsberg 03 | 0:2 |
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