| 23. Spieltag | 26.01.2013 | Hallescher FC | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 03.02.2013 | SpVgg Unterhaching | - | Hallescher FC | 1:3 |  |
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| 25. Spieltag | 09.02.2013 | Hallescher FC | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 16.02.2013 | Preußen Münster | - | Hallescher FC | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 23.02.2013 | Hallescher FC | - | Chemnitzer FC | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 03.03.2013 | SV Darmstadt 98 | - | Hallescher FC | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 10.03.2013 | Hallescher FC | - | Hansa Rostock | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 03.04.2013 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hallescher FC | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 06.04.2013 | Hallescher FC | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.04.2013 | VfB Stuttgart II | - | Hallescher FC | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 16.04.2013 | Hallescher FC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 20.04.2013 | Hallescher FC | - | VfL Osnabrück | 1:2 | ||||
| 35. Spieltag | 27.04.2013 | Arminia Bielefeld | - | Hallescher FC | 2:1 | ||||
| 36. Spieltag | 04.05.2013 | Hallescher FC | - | Alemannia Aachen | 1:0 | |
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| 37. Spieltag | 11.05.2013 | Borussia Dortmund II | - | Hallescher FC | 2:2 | ||||
| 38. Spieltag | 18.05.2013 | Hallescher FC | - | 1. FC Saarbrücken | 2:1 |
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