| 3. Spieltag | 24.07.2021 | Fakel Voronezh | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |  |
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| 4. Spieltag | 31.07.2021 | Veles Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 08.08.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 11.09.2021 | FK Krasnodar 2 | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 15.09.2021 | Torpedo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | ||||
| 14. Spieltag | 29.09.2021 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 03.10.2021 | FK Tom Tomsk | - | Alania Vladikavkaz | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 13.10.2021 | FK Tom Tomsk | - | Olimp-Dolgoprudny | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 31.10.2021 | Baltika Kaliningrad | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 21. Spieltag | 06.11.2021 | FK Tom Tomsk | - | Fakel Voronezh | 2:2 | ||||
| 22. Spieltag | 13.11.2021 | FK Tom Tomsk | - | Veles Moskva | 1:0 | |
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| 23. Spieltag | 17.11.2021 | FK Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 21.11.2021 | Akron Tolyatti | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | ||||
| 25. Spieltag | 27.11.2021 | FK Tom Tomsk | - | FK Neftekhimik | 1:1 |
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