| 7. Spieltag | 30.09.2012 | FC St. Pauli [A-Junioren] | - | Hansa Rostock [A-Junioren] | 3:0 | ||||
| 8. Spieltag | 21.10.2012 | Energie Cottbus [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 1:3 | ||||
| 12. Spieltag | 24.11.2012 | FC St. Pauli [A-Junioren] | - | Holstein Kiel [A-Junioren] | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 02.12.2012 | Hertha BSC [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 09.02.2013 | Werder Bremen [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 17.02.2013 | FC St. Pauli [A-Junioren] | - | Rot-Weiß Erfurt [A-Junioren] | 3:2 | ||||
| 9. Spieltag | 10.03.2013 | Chemnitzer FC [A-Junioren] | - | FC St. Pauli [A-Junioren] | 1:4 |
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