| 1. Spieltag | 30.08.2008 | FC 08 Villingen [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 1:3 |  |
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| 9. Spieltag | 09.11.2008 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | Jahn Regensburg [A-Junioren] | 5:1 | ||||
| 14. Spieltag | 15.02.2009 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | FC 08 Villingen [A-Junioren] | 5:0 | ||||
| 16. Spieltag | 28.02.2009 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | SpVgg Unterhaching [A-Junioren] | 3:1 | ||||
| 17. Spieltag | 07.03.2009 | Bayern München [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 1:3 | ||||
| 21. Spieltag | 19.04.2009 | SC Freiburg [A-Junioren] | - | Karlsruher SC [A-Junioren] | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 14.06.2009 | Kickers Offenbach [A-Junioren] | - | SC Freiburg [A-Junioren] | 0:4 | |
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