| 1. Spieltag | 07.07.1999 | Neuchâtel Xamax FC | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 13.07.1999 | FC Aarau | - | Yverdon Sport FC | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 17.07.1999 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Aarau | 4:0 | ||||
| 5. Spieltag | 24.07.1999 | SR Delémont | - | FC Aarau | 4:2 | ||||
| 7. Spieltag | 07.08.1999 | FC Luzern | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 14.08.1999 | FC Aarau | - | Lausanne Sports | 1:3 | ||||
| 9. Spieltag | 21.08.1999 | FC Zürich | - | FC Aarau | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 28.08.1999 | FC Lugano | - | FC Aarau | 4:1 | ||||
| 11. Spieltag | 11.09.1999 | FC Aarau | - | FC Basel 1893 | 1:3 | ||||
| 13. Spieltag | 26.09.1999 | Yverdon Sport FC | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 03.10.1999 | FC Aarau | - | Grasshopper Club Zürich | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 16.10.1999 | FC St. Gallen | - | FC Aarau | 4:1 | ||||
| 16. Spieltag | 24.10.1999 | FC Aarau | - | SR Delémont | 4:2 | ||||
| 17. Spieltag | 30.10.1999 | Servette FC | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 07.11.1999 | FC Aarau | - | FC Luzern | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 20.11.1999 | Lausanne Sports | - | FC Aarau | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 12.12.1999 | FC Basel 1893 | - | FC Aarau | 2:1 |
Schweiz