| 1. Spieltag | 20.08.2006 | AO Egaleo | - | Panathinaikos | 1:4 | ||||
| 2. Spieltag | 26.08.2006 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 3. Spieltag | 09.09.2006 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 1:0 |  |
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| 4. Spieltag | 17.09.2006 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 5. Spieltag | 24.09.2006 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 2:1 | ||||
| 6. Spieltag | 01.10.2006 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 3:3 | ||||
| 7. Spieltag | 23.10.2006 | Panathinaikos | - | AEK Athen | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 29.10.2006 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 11. Spieltag | 19.11.2006 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 16. Spieltag | 07.01.2007 | Panathinaikos | - | AO Egaleo | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 14.01.2007 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 19. Spieltag | 27.01.2007 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:0 | |
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| 26. Spieltag | 18.03.2007 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 22.04.2007 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 0:1 | |
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| 29. Spieltag | 29.04.2007 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 13.05.2007 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 2:2 |
Kroatien