| 1. Runde | 28.09.2006 | Metalurg Zaporizhya | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| Gruppe G | 19.10.2006 | Panathinaikos | - | Hapoel Tel Aviv | 2:0 | ||||
| Gruppe G | 02.11.2006 | FK Mladá Boleslav | - | Panathinaikos | 0:1 |  |
|||
| Gruppe G | 30.11.2006 | Panathinaikos | - | Rapid Bucureşti | 0:0 | ||||
| Gruppe G | 13.12.2006 | Paris Saint-Germain | - | Panathinaikos | 4:0 |
Kroatien