| 1. Spieltag | 31.07.2004 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 2. Spieltag | 06.08.2004 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 11.08.2004 | 1. FC Köln II | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 4. Spieltag | 14.08.2004 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:3 | ||||
| 9. Spieltag | 17.09.2004 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld II | 2:1 | ||||
| 12. Spieltag | 09.10.2004 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2004 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 24.10.2004 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 15. Spieltag | 29.10.2004 | FC St. Pauli | - | Preußen Münster | 3:2 | ||||
| 16. Spieltag | 06.11.2004 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 10.11.2004 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 13.11.2004 | FC St. Pauli | - | VfL Wolfsburg II | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 03.12.2004 | FC St. Pauli | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 23.04.2005 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 33. Spieltag | 28.04.2005 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 0:1 |
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