| 1. Spieltag | 04.08.2012 | TSV 1860 München | - | Jahn Regensburg | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 22.10.2012 | TSV 1860 München | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 03.11.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
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| 13. Spieltag | 11.11.2012 | FSV Frankfurt | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 16.11.2012 | TSV 1860 München | - | 1. FC Köln | 0:2 |  |
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| 16. Spieltag | 27.11.2012 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | |
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| 18. Spieltag | 09.12.2012 | Jahn Regensburg | - | TSV 1860 München | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 09.02.2013 | MSV Duisburg | - | TSV 1860 München | 1:3 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 05.05.2013 | TSV 1860 München | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2013 | TSV 1860 München | - | VfR Aalen | 3:0 |
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