| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Viktoria Aschaffenburg | - | SC Freiburg II | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 27.09.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:3 | ||||
| 9. Spieltag | 25.10.2008 | SV Wehen Wiesbaden II | - | SC Freiburg II | 0:3 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2008 | SC Freiburg II | - | SpVgg Unterhaching II | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 08.11.2008 | SC Freiburg II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | SC Pfullendorf | - | SC Freiburg II | 5:0 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Hessen Kassel | - | SC Freiburg II | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 20.12.2008 | SC Freiburg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:3 | ||||
| 21. Spieltag | 08.03.2009 | Eintracht Frankfurt II | - | SC Freiburg II | 1:2 | ||||
| 27. Spieltag | 26.04.2009 | SpVgg Unterhaching II | - | SC Freiburg II | 1:4 |  |
|||
| 30. Spieltag | 12.05.2009 | SC Freiburg II | - | SC Pfullendorf | 4:2 | ||||
| 31. Spieltag | 16.05.2009 | SSV Ulm 1846 | - | SC Freiburg II | 3:1 |
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