| 7. Spieltag | 13.08.2016 | SV Pullach | - | FC Pipinsried | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 21.08.2016 | FC Pipinsried | - | TSV 1865 Dachau | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 24.08.2016 | TSV Kottern-St. Mang | - | FC Pipinsried | 2:3 | ||||
| 9. Spieltag | 27.08.2016 | SV Kirchanschöring | - | FC Pipinsried | 0:2 | ||||
| 10. Spieltag | 04.09.2016 | FC Pipinsried | - | TSV 1896 Rain | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 10.09.2016 | FC Gundelfingen | - | FC Pipinsried | 2:3 | ||||
| 12. Spieltag | 18.09.2016 | FC Pipinsried | - | Jahn Regensburg II | 3:2 | ||||
| 13. Spieltag | 24.09.2016 | SpVgg Hankofen-Hailing | - | FC Pipinsried | 1:1 |  |
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| 14. Spieltag | 02.10.2016 | FC Pipinsried | - | TSV Schwabmünchen | 1:0 |  |
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| 18. Spieltag | 29.10.2016 | 1. FC Sonthofen | - | FC Pipinsried | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 13.11.2016 | FC Pipinsried | - | TSV Kottern-St. Mang | 1:1 |
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