| 1. Spieltag | 19.08.2012 | AD Alcorcón | - | CD Guadalajara | 1:1 |  |
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| 2. Spieltag | 25.08.2012 | CD Guadalajara | - | Girona FC | 1:5 | ||||
| 4. Spieltag | 08.09.2012 | CD Guadalajara | - | FC Barcelona B | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 13.10.2012 | CD Guadalajara | - | SD Ponferradina | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 20.10.2012 | Hércules CF | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 27.10.2012 | CD Guadalajara | - | UD Las Palmas | 2:3 | ||||
| 12. Spieltag | 04.11.2012 | Córdoba CF | - | CD Guadalajara | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.12.2012 | CD Mirandés | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 06.01.2013 | CD Lugo | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 09.02.2013 | FC Barcelona B | - | CD Guadalajara | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 16.02.2013 | CD Guadalajara | - | UD Almería | 2:2 | ||||
| 30. Spieltag | 17.03.2013 | SD Ponferradina | - | CD Guadalajara | 2:2 | ||||
| 31. Spieltag | 24.03.2013 | CD Guadalajara | - | Hércules CF | 0:2 | ||||
| 42. Spieltag | 08.06.2013 | Elche CF | - | CD Guadalajara | 3:1 |
Spanien