| 7. Spieltag | 04.10.2008 | TSV Großbardorf | - | SC Freiburg II | 2:0 |  |
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| 18. Spieltag | 20.12.2008 | SC Freiburg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:3 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.2009 | SC Freiburg II | - | Waldhof Mannheim | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2009 | SC Freiburg II | - | SSV Reutlingen | 2:3 |  |
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| 23. Spieltag | 21.03.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SC Freiburg II | 5:1 | ||||
| 24. Spieltag | 28.03.2009 | SC Freiburg II | - | TSV Großbardorf | 3:0 | ||||
| 25. Spieltag | 03.04.2009 | SV Darmstadt 98 | - | SC Freiburg II | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 02.05.2009 | SC Freiburg II | - | Karlsruher SC II | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 09.05.2009 | 1. FC Nürnberg II | - | SC Freiburg II | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 12.05.2009 | SC Freiburg II | - | SC Pfullendorf | 4:2 | ||||
| 31. Spieltag | 16.05.2009 | SSV Ulm 1846 | - | SC Freiburg II | 3:1 | ||||
| 32. Spieltag | 23.05.2009 | SC Freiburg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:0 | ||||
| 19. Spieltag | 26.05.2009 | SpVgg Greuther Fürth II | - | SC Freiburg II | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 30.05.2009 | TSV 1860 München II | - | SC Freiburg II | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 06.06.2009 | SC Freiburg II | - | Hessen Kassel | 1:3 | |
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Deutschland