| 8. Spieltag | 23.09.2016 | Hertha BSC II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Lok Leipzig | 3:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.12.2016 | FC Viktoria 1889 Berlin | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |  |
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| 18. Spieltag | 28.01.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | ZFC Meuselwitz | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 22.03.2017 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | |
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| 21. Spieltag | 26.03.2017 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2017 | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | RB Leipzig II | 1:1 |
Deutschland