| 18. Spieltag | 28.01.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | ZFC Meuselwitz | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 11.02.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV Budissa Bautzen | 4:0 |  |
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| 22. Spieltag | 26.02.2017 | Union Fürstenwalde | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | |
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| 23. Spieltag | 05.03.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSG Neustrelitz | 2:0 |  |
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| 24. Spieltag | 12.03.2017 | Berliner AK 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2017 | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 27. Spieltag | 09.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV 63 Luckenwalde | 3:0 | ||||
| 28. Spieltag | 13.04.2017 | Wacker Nordhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:4 | ||||
| 29. Spieltag | 19.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Oberlausitz | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2017 | 1. FC Lok Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 28.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | RB Leipzig II | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 07.05.2017 | FC Schönberg 95 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Viktoria 1889 Berlin | 0:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2017 | BFC Dynamo | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:4 | |
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