| 16. Spieltag | 01.03.2009 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hertha BSC [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 08.03.2009 | Hamburger SV [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 15.03.2009 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | VfL Osnabrück [B-Junioren] | 0:3 | ||||
| 19. Spieltag | 22.03.2009 | Rot-Weiß Erfurt [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 05.04.2009 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Werder Bremen [B-Junioren] | 1:8 | ||||
| 22. Spieltag | 26.04.2009 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hannover 96 [B-Junioren] | 2:1 |  |
 |
||
| 23. Spieltag | 17.05.2009 | Energie Cottbus [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 24.05.2009 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Holstein Kiel [B-Junioren] | 6:1 | ||||
| 15. Spieltag | 30.05.2009 | Hansa Rostock [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 4:0 | ||||
| 25. Spieltag | 07.06.2009 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | VfL Wolfsburg [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 14.06.2009 | Concordia Hamburg [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 1:0 |
Deutschland