| 18. Spieltag | 20.12.2008 | Bayer Leverkusen II | - | SC Verl | 2:2 | ||||
| 20. Spieltag | 28.02.2009 | Bayer Leverkusen II | - | FSV Oggersheim | 3:2 | ||||
| 19. Spieltag | 17.03.2009 | SV 07 Elversberg | - | Bayer Leverkusen II | 2:4 | ||||
| 23. Spieltag | 21.03.2009 | FC Schalke 04 II | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 27.03.2009 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 5:1 | ||||
| 21. Spieltag | 31.03.2009 | Borussia Dortmund II | - | Bayer Leverkusen II | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 03.04.2009 | VfL Bochum II | - | Bayer Leverkusen II | 1:3 | ||||
| 27. Spieltag | 24.04.2009 | Eintracht Trier | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 29. Spieltag | 09.05.2009 | Wormatia Worms | - | Bayer Leverkusen II | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 12.05.2009 | Bayer Leverkusen II | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 15.05.2009 | Rot-Weiss Essen | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 |  |
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| 32. Spieltag | 22.05.2009 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:2 | |
|||
| 33. Spieltag | 30.05.2009 | 1. FC Kleve | - | Bayer Leverkusen II | 1:4 | ||||
| 34. Spieltag | 06.06.2009 | Bayer Leverkusen II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:3 |
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