| 3. Spieltag | 11.09.2016 | PAS Giannina | - | Atromitos | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 18.09.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 03.10.2016 | Xanthi FC | - | Atromitos | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 29.10.2016 | Atromitos | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 |  |
|||
| 10. Spieltag | 05.11.2016 | AEK Athen | - | Atromitos | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 28.11.2016 | PAOK Saloniki | - | Atromitos | 3:4 | ||||
| 13. Spieltag | 04.12.2016 | AE Lárissa | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 11.12.2016 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 17.12.2016 | Platanias Chanion | - | Atromitos | 3:0 | |
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| 1. Spieltag | 04.01.2017 | AO Kerkyra | - | Atromitos | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 07.01.2017 | Atromitos | - | Levadiakos | 2:0 | |
|||
| 16. Spieltag | 18.01.2017 | Atromitos | - | AO Kerkyra | 1:4 | ||||
| 17. Spieltag | 22.01.2017 | Levadiakos | - | Atromitos | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 29.01.2017 | Atromitos | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 30.04.2017 | Atromitos | - | Platanias Chanion | 4:1 |
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