| 6. Spieltag | 05.09.2009 | 1. FC Köln II | - | Eintracht Trier | 3:0 | ||||
| 20. Spieltag | 02.03.2010 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 09.03.2010 | Wormatia Worms | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 13.03.2010 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 16.03.2010 | Eintracht Trier | - | 1. FC Köln II | 2:2 | ||||
| 25. Spieltag | 19.03.2010 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 1:2 | ||||
| 26. Spieltag | 27.03.2010 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Lotte | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 03.04.2010 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 0:4 | ||||
| 28. Spieltag | 10.04.2010 | 1. FC Köln II | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 16.04.2010 | VfL Bochum II | - | 1. FC Köln II | 1:4 |  |
|||
| 30. Spieltag | 23.04.2010 | 1. FC Köln II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:1 | ||||
| 31. Spieltag | 01.05.2010 | 1. FC Kaiserslautern II | - | 1. FC Köln II | 2:5 | ||||
| 32. Spieltag | 08.05.2010 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 22.05.2010 | 1. FC Saarbrücken | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 29.05.2010 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 2:0 |
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