| 19. Spieltag | 02.11.2024 | SpVgg Weiden | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 16.11.2024 | TSV Karlburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 23. Spieltag | 30.11.2024 | FC Ingolstadt 04 II | - | SC Eltersdorf | 0:2 | ||||
| 24. Spieltag | 08.03.2025 | Eintracht Münchberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:4 | ||||
| 25. Spieltag | 15.03.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | DJK Ammerthal | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 22.03.2025 | ASV Neumarkt | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 | ||||
| 27. Spieltag | 29.03.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Kornburg | 3:0 | ||||
| 28. Spieltag | 05.04.2025 | DJK Gebenbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:6 |  |
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| 31. Spieltag | 25.04.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | ATSV Erlangen | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 02.05.2025 | TSV Neudrossenfeld | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 33. Spieltag | 10.05.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:2 |
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