| 1. Spieltag | 06.08.2011 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 3:4 | ||||
| 2. Spieltag | 12.08.2011 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 | ||||
| 3. Spieltag | 20.08.2011 | VfL Bochum II | - | 1. FC Köln II | 0:0 | ||||
| 4. Spieltag | 27.08.2011 | 1. FC Köln II | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 30.08.2011 | 1. FC Kaiserslautern II | - | 1. FC Köln II | 2:2 | ||||
| 24. Spieltag | 18.02.2012 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 25.02.2012 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Köln II | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 03.03.2012 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Lotte | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 10.03.2012 | Eintracht Trier | - | 1. FC Köln II | 1:3 |  |
|||
| 28. Spieltag | 17.03.2012 | 1. FC Köln II | - | SC Wiedenbrück | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 28.03.2012 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Köln II | 1:2 | ||||
| 30. Spieltag | 01.04.2012 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 4:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.04.2012 | 1. FC Köln II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 36. Spieltag | 05.05.2012 | SV 07 Elversberg | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 37. Spieltag | 11.05.2012 | 1. FC Köln II | - | TuS Koblenz | 3:1 | ||||
| 38. Spieltag | 19.05.2012 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 1:1 |
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