| 2. Spieltag | 07.08.2016 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:2 |  |
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| 3. Spieltag | 14.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ufa | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 20.08.2016 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | |
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| 14. Spieltag | 21.11.2016 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 05.12.2016 | FK Ufa | - | FK Tom Tomsk | 1:0 |
Tschechien