| 21. Spieltag | 21.02.2009 | Bayern München | - | 1. FC Köln | 1:2 |  |
|||
| 22. Spieltag | 27.02.2009 | 1. FC Köln | - | Arminia Bielefeld | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 06.03.2009 | FC Schalke 04 | - | 1. FC Köln | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.03.2009 | Energie Cottbus | - | 1. FC Köln | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 05.04.2009 | 1. FC Köln | - | Bayer Leverkusen | 0:2 | ||||
| 27. Spieltag | 11.04.2009 | Borussia Dortmund | - | 1. FC Köln | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 25.04.2009 | Hannover 96 | - | 1. FC Köln | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 03.05.2009 | 1. FC Köln | - | Werder Bremen | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 16.05.2009 | Hamburger SV | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 23.05.2009 | 1. FC Köln | - | VfL Bochum | 1:1 |
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