| 2. Spieltag | 05.08.2016 | Fortuna Köln | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Fortuna Köln | 3:0 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Fortuna Köln | 2:3 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.2016 | Fortuna Köln | - | Hallescher FC | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 16.10.2016 | FSV Frankfurt | - | Fortuna Köln | 6:0 |  |
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| 13. Spieltag | 29.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Fortuna Köln | 0:1 | |
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| 14. Spieltag | 05.11.2016 | Fortuna Köln | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 03.03.2017 | Chemnitzer FC | - | Fortuna Köln | 3:1 | |
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| 27. Spieltag | 15.03.2017 | Hansa Rostock | - | Fortuna Köln | 1:1 |  |
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| 31. Spieltag | 04.04.2017 | VfR Aalen | - | Fortuna Köln | 3:0 | ||||
| 32. Spieltag | 08.04.2017 | Fortuna Köln | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | |
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| 33. Spieltag | 15.04.2017 | Preußen Münster | - | Fortuna Köln | 4:2 | ||||
| 34. Spieltag | 23.04.2017 | FSV Zwickau | - | Fortuna Köln | 2:1 | ||||
| 35. Spieltag | 28.04.2017 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | Fortuna Köln | - | MSV Duisburg | 0:3 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Fortuna Köln | 4:0 |
Deutschland
