| 3. Spieltag | 31.08.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 |  |
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| 5. Spieltag | 20.09.2008 | VfL Bochum II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:1 |  |
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| 22. Spieltag | 14.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfL Bochum II | 2:3 | ||||
| 21. Spieltag | 17.03.2009 | 1. FC Kaiserslautern II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:2 | |
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| 23. Spieltag | 21.03.2009 | 1. FC Köln II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:0 | |
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| 24. Spieltag | 27.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Eintracht Trier | 1:0 | |
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| 25. Spieltag | 04.04.2009 | BV Cloppenburg | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:3 | ||||
| 26. Spieltag | 18.04.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Wormatia Worms | 3:1 | |
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