| 1. Spieltag | 20.08.2006 | Iraklis Saloniki | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 27.08.2006 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 0:3 | ||||
| 3. Spieltag | 10.09.2006 | Ergotelis | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 29.10.2006 | AO Kerkyra | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 19.11.2006 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 0:2 | ||||
| 14. Spieltag | 10.12.2006 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 1:0 |  |
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| 15. Spieltag | 17.12.2006 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 4:0 | ||||
| 21. Spieltag | 10.02.2007 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 18.02.2007 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 25.02.2007 | Panionios GSS | - | AO Kerkyra | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 29.04.2007 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 3:1 |
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