| 1. Spieltag | 20.08.2016 | Floriana FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 26.08.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Balzan FC | 1:2 | ||||
| 3. Spieltag | 10.09.2016 | Valletta FC | - | Pembroke Athleta FC | 5:1 | ||||
| 4. Spieltag | 17.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Hibernians FC | 1:2 |  |
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| 5. Spieltag | 22.09.2016 | Gżira United | - | Pembroke Athleta FC | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Birkirkara FC | 2:1 | |
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| 7. Spieltag | 01.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Tarxien Rainbows | 2:2 | |
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| 8. Spieltag | 16.10.2016 | St. Andrews FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:1 | |
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| 9. Spieltag | 23.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Sliema Wanderers | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2016 | Hamrun Spartans | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 27.11.2016 | Balzan FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:0 |
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