| 18. Spieltag | 30.11.2013 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 0:1 |  |
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| 19. Spieltag | 08.12.2013 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli II | 0:3 |  |
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| 21. Spieltag | 15.02.2014 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 0:2 | ||||
| 22. Spieltag | 22.02.2014 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 2:2 | |
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| 20. Spieltag | 26.02.2014 | FC St. Pauli II | - | Hannover 96 II | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 01.03.2014 | FC St. Pauli II | - | Goslarer SC | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 08.03.2014 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Norderstedt | 0:3 | ||||
| 25. Spieltag | 15.03.2014 | FC St. Pauli II | - | Schwarz-Weiß Rehden | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 24.03.2014 | SV Meppen | - | FC St. Pauli II | 0:4 | |
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| 27. Spieltag | 29.03.2014 | FC St. Pauli II | - | SV Eichede | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 03.04.2014 | Eintracht Braunschweig II | - | FC St. Pauli II | 2:2 | |
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| 30. Spieltag | 26.04.2014 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 02.05.2014 | FC St. Pauli II | - | Victoria Hamburg | 5:0 | ||||
| 32. Spieltag | 10.05.2014 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 16.05.2014 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 2:4 |
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