| 4. Spieltag | 13.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 |  |
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| 8. Spieltag | 18.10.2008 | Borussia Dortmund II | - | Sportfreunde Lotte | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | Eintracht Trier | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 26.11.2008 | Borussia Dortmund II | - | BV Cloppenburg | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Rot-Weiss Essen | - | Borussia Dortmund II | 3:4 |  |
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| 19. Spieltag | 21.02.2009 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Kleve | 5:2 | ||||
| 29. Spieltag | 09.05.2009 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 2:4 | ||||
| 30. Spieltag | 13.05.2009 | Borussia Dortmund II | - | Eintracht Trier | 4:0 | ||||
| 31. Spieltag | 16.05.2009 | BV Cloppenburg | - | Borussia Dortmund II | 5:2 | |
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