| 1. Spieltag | 16.08.2008 | SC Verl | - | Bayer Leverkusen II | 2:2 |  |
|||
| 2. Spieltag | 22.08.2008 | Bayer Leverkusen II | - | SV 07 Elversberg | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 29.08.2008 | FSV Oggersheim | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 13.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 20.09.2008 | Sportfreunde Lotte | - | Bayer Leverkusen II | 2:2 | ||||
| 6. Spieltag | 27.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | FC Schalke 04 II | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 18.10.2008 | Bayer Leverkusen II | - | VfL Bochum II | 3:2 | |
|||
| 9. Spieltag | 24.10.2008 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 28.10.2008 | Bayer Leverkusen II | - | Eintracht Trier | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | BV Cloppenburg | - | Bayer Leverkusen II | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 08.11.2008 | Bayer Leverkusen II | - | Wormatia Worms | 0:3 | ||||
| 13. Spieltag | 14.11.2008 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 5:1 | ||||
| 15. Spieltag | 29.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 06.12.2008 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Kleve | 2:1 | |
|||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 |
Bulgarien