| 10. Spieltag | 25.10.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 15.03.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 20. Spieltag | 23.03.2009 | FC Thun | - | FC Concordia Basel | 1:0 | ||||
| 16. Spieltag | 29.03.2009 | FC Thun | - | FC Lausanne-Sport | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 22.04.2009 | FC Thun | - | FC Stade Nyonnais | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 26.04.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Thun | 5:1 | ||||
| 26. Spieltag | 04.05.2009 | FC Thun | - | FC Biel/Bienne | 2:2 | ||||
| 27. Spieltag | 09.05.2009 | FC Locarno | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 28. Spieltag | 16.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Thun | 2:0 | ||||
| 29. Spieltag | 24.05.2009 | FC Thun | - | Servette FC | 3:0 |
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