| 13. Spieltag | 19.07.2006 | Ventforet Kofu | - | Kyoto Purple Sanga | 3:1 |  |
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| 14. Spieltag | 23.07.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | Shimizu S-Pulse | 2:1 | |
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| 15. Spieltag | 26.07.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | JEF United Chiba | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 29.07.2006 | RB Omiya Ardija | - | Kyoto Purple Sanga | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 12.08.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | Gamba Osaka | 1:4 | |
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| 18. Spieltag | 19.08.2006 | Avispa Fukuoka | - | Kyoto Purple Sanga | 4:5 | |
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| 22. Spieltag | 10.09.2006 | Kashima Antlers | - | Kyoto Purple Sanga | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 16.09.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | FC Tokyo | 1:0 | |
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| 26. Spieltag | 06.10.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | RB Omiya Ardija | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 26.11.2006 | Gamba Osaka | - | Kyoto Purple Sanga | 3:2 | ||||
| 34. Spieltag | 02.12.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | Nagoya Grampus Eight | 0:1 | |
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