| 1. Spieltag | 16.08.2008 | VfL Bochum II | - | BV Cloppenburg | 5:1 | ||||
| 2. Spieltag | 24.08.2008 | BV Cloppenburg | - | 1. FC Köln II | 1:3 | ||||
| 8. Spieltag | 19.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | BV Cloppenburg | 4:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | BV Cloppenburg | - | Bayer Leverkusen II | 0:1 | ||||
| 16. Spieltag | 07.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | BV Cloppenburg | 1:2 |  |
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| 17. Spieltag | 13.12.2008 | BV Cloppenburg | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 16.12.2008 | BV Cloppenburg | - | Sportfreunde Lotte | 3:2 | ||||
| 18. Spieltag | 20.12.2008 | BV Cloppenburg | - | VfL Bochum II | 4:2 | |
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| 20. Spieltag | 28.02.2009 | BV Cloppenburg | - | Eintracht Trier | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2009 | Wormatia Worms | - | BV Cloppenburg | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 08.04.2009 | Rot-Weiss Essen | - | BV Cloppenburg | 5:3 | ||||
| 26. Spieltag | 18.04.2009 | 1. FC Kleve | - | BV Cloppenburg | 4:1 | ||||
| 27. Spieltag | 25.04.2009 | BV Cloppenburg | - | Bor. Mönchengladbach II | 2:4 | ||||
| 29. Spieltag | 08.05.2009 | BV Cloppenburg | - | SV 07 Elversberg | 3:0 | ||||
| 30. Spieltag | 13.05.2009 | FSV Oggersheim | - | BV Cloppenburg | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 06.06.2009 | 1. FC Kaiserslautern II | - | BV Cloppenburg | 4:2 | |
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