| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Borussia Dortmund II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:1 | ||||
| 2. Spieltag | 23.08.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 26.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Köln II | 2:3 | ||||
| 8. Spieltag | 19.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | BV Cloppenburg | 4:1 | ||||
| 10. Spieltag | 29.10.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FSV Mainz 05 II | 5:0 | ||||
| 18. Spieltag | 20.12.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Borussia Dortmund II | 2:0 |  |
|||
| 19. Spieltag | 21.02.2009 | Sportfreunde Lotte | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 21.03.2009 | 1. FC Köln II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 25.04.2009 | Preußen Münster | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:4 | ||||
| 29. Spieltag | 09.05.2009 | SC Verl | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:3 | ||||
| 31. Spieltag | 16.05.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:2 | ||||
| 32. Spieltag | 22.05.2009 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:2 | ||||
| 33. Spieltag | 30.05.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SV 07 Elversberg | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 06.06.2009 | FSV Oggersheim | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:3 | |
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