| 3. Spieltag | 23.07.2016 | Dinamo Moskva | - | FK Neftekhimik | 3:1 |  |
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| 4. Spieltag | 27.07.2016 | FK Neftekhimik | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 31.07.2016 | Baltika Kaliningrad | - | FK Neftekhimik | 0:0 |  |
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| 6. Spieltag | 06.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Sibir Novosibirsk | 0:1 | |
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| 7. Spieltag | 13.08.2016 | Zenit St. Petersburg 2 | - | FK Neftekhimik | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 17.08.2016 | FK Neftekhimik | - | Mordovia Saransk | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 21.08.2016 | Volgar Astrakhan | - | FK Neftekhimik | 3:0 | ||||
| 29. Spieltag | 01.04.2017 | FK Neftekhimik | - | Spartak Nalchik | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 23.04.2017 | FK Neftekhimik | - | Spartak Moskva 2 | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 29.04.2017 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Neftekhimik | 2:1 | ||||
| 35. Spieltag | 06.05.2017 | FK Neftekhimik | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 36. Spieltag | 10.05.2017 | FK Tyumen | - | FK Neftekhimik | 2:0 |
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