| 6. Spieltag | 05.09.2009 | FC Schalke 04 II | - | Waldhof Mannheim | 0:1 | ||||
| 7. Spieltag | 12.09.2009 | VfL Bochum II | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 27.09.2009 | 1. FC Kaiserslautern II | - | FC Schalke 04 II | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 25.10.2009 | SC Verl | - | FC Schalke 04 II | 3:2 | ||||
| 25. Spieltag | 21.03.2010 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FC Schalke 04 II | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 30.03.2010 | Sportfreunde Lotte | - | FC Schalke 04 II | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 03.04.2010 | Bayer Leverkusen II | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 10.04.2010 | 1. FC Saarbrücken | - | FC Schalke 04 II | 2:0 |  |
|||
| 30. Spieltag | 24.04.2010 | Fortuna Düsseldorf II | - | FC Schalke 04 II | 0:4 | ||||
| 32. Spieltag | 08.05.2010 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 22.05.2010 | FC Schalke 04 II | - | Wormatia Worms | 7:2 |
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