Seit 2011 spielt Rafinha für den FC Bayern München. Dies war jedoch nicht die erste Station des Brasilianers in der Fußball-Bundesliga. Zwischen 2005 und 2010 lief der Außenverteidiger für den FC Schalke 04 auf. Der Abschied aus Gelsenkirchen verlief nach Aussagen des 33-Jährigen dabei nicht gänzlich ohne Zwischentöne.

Besonders der damalige Schalke-Trainer Felix Magath wollte einen Wechsel von Rafinha zum FC Bayern offenbar unbedingt verhindern.

"Als ich noch sechs Monate Vertrag hatte, sagte man zu mir bei Schalke 04: Du kannst zu jedem Team gehen, nur nicht zu Bayern München. Wenn du auch nur träumen solltest, dass du bei Bayern unterschreibst, werden wir deine Karriere zerstören. Felix Magath hat das nicht wörtlich gesagt, er hat schlimmere Worte benutzt", wird der Südamerikaner von "11Freunde" aus einem Interview, das er bei "Fox Sports" gegeben hat, zitiert.

Im Sommer 2010 schloss sich Rafinha schließlich nicht den Münchnern sondern dem FC Genua an.

Doch nur ein Jahr später wechselte der Defensivspieler schließlich zum FC Bayern, für den er bislang 266 Pflichtspiele bestritten hat. Nach dieser Saison wird Rafinha die bayrische Landeshauptstadt verlassen.