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| 14.04.2017 | 12:00 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 (1:0) | |
| 12:00 | Tulevik Viljandi | - | FC Levadia | 0:2 (0:1) | ||
| 18:30 | JK Tammeka | - | JK Sillamäe Kalev | 1:1 (0:0) | ||
| 15.04.2017 | 15:00 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Infonet | 0:6 (0:4) | |
| 18:00 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 6 | 5 | 1 | 0 | 19:2 | 17 | 16 |
| 2 |
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FC Flora | 6 | 4 | 2 | 0 | 13:2 | 11 | 14 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 6 | 4 | 1 | 1 | 13:7 | 6 | 13 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 6 | 3 | 1 | 2 | 11:8 | 3 | 10 |
| 5 |
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FC Infonet | 6 | 3 | 0 | 3 | 15:7 | 8 | 9 |
| 6 |
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JK Tammeka | 6 | 2 | 3 | 1 | 8:8 | 0 | 9 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 6 | 2 | 0 | 4 | 7:20 | -13 | 6 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 6 | 1 | 1 | 4 | 5:12 | -7 | 4 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 6 | 1 | 0 | 5 | 5:15 | -10 | 3 |
| 10 |
|
Pärnu JK Vaprus | 6 | 0 | 1 | 5 | 6:21 | -15 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
