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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 18 | 15 | 3 | 0 | 64:6 | 58 | 48 |
| 2 |
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FC Flora | 18 | 14 | 2 | 2 | 48:18 | 30 | 44 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 18 | 12 | 3 | 3 | 59:17 | 42 | 39 |
| 4 |
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FC Infonet | 18 | 10 | 3 | 5 | 61:22 | 39 | 33 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 18 | 6 | 4 | 8 | 21:28 | -7 | 22 |
| 6 |
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JK Sillamäe Kalev | 18 | 6 | 3 | 9 | 26:32 | -6 | 21 |
| 7 |
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JK Tammeka | 18 | 5 | 5 | 8 | 20:31 | -11 | 20 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 18 | 5 | 3 | 10 | 25:43 | -18 | 18 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 18 | 4 | 3 | 11 | 18:33 | -15 | 15 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 18 | 1 | 2 | 15 | 15:71 | -56 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
