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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 18 | 14 | 4 | 0 | 52:10 | 42 | 46 |
| 2 |
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JK Nõmme Kalju | 18 | 12 | 3 | 3 | 42:15 | 27 | 39 |
| 3 |
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FC Levadia | 18 | 10 | 6 | 2 | 42:14 | 28 | 36 |
| 4 |
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FC Infonet | 18 | 10 | 2 | 6 | 42:25 | 17 | 32 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 18 | 7 | 2 | 9 | 25:35 | -10 | 23 |
| 6 |
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Paide Linnameeskond | 18 | 5 | 5 | 8 | 22:45 | -23 | 20 |
| 7 |
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JK Tammeka | 18 | 4 | 5 | 9 | 20:32 | -12 | 17 |
| 8 |
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JK Sillamäe Kalev | 18 | 4 | 3 | 11 | 26:44 | -18 | 15 |
| 9 |
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Tulevik Viljandi | 18 | 4 | 1 | 13 | 16:62 | -46 | 13 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 18 | 1 | 0 | 17 | 14:75 | -61 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
